2005年底，喀什地区下辖1个市和11个县，即喀什市、疏附县、疏勒县、英吉沙县、岳普湖县、伽师县、莎车县、泽普县、叶城县、麦盖提县、巴楚县、塔什库尔干塔吉克自治县。喀什市是喀什地区的政治、经济、文化中心，也是新疆唯一的中国历史文化名城。全区共有8个区、26个镇、4个街道办事处、141个乡、2 310个村民委员会、96个居民委员会。全区有全民所有制的农、牧、林、渔场 60个。在喀什境内还驻有新疆生产建设兵团农业第三师所辖16个团场以及自治区属管单位、农场、石油基地、军事机关等单位。